En este volumen, segundo en la serie El largo viaje de Pepe, viajaremos con el protagonista a España para conocer el modo de vida y los peligros que enfrenta el lince ibérico. Posteriormente, Pepe visitará la playa de Tortuguero en Costa Rica, y se reunirá con otra especie amenazada: las tortugas marinas. Él será testigo del acoso sufrido por esa especie porque su carne y huevos son muy codiciados.
En este volumen, el primero de la serie, Pepe está feliz porque su abuelo lo ha nombrado agente secreto para salvar a los animales en peligro de extinción. Él asigna dos misiones: la primera lo hace viajar a China, donde conoce el modo de vida y los peligros que enfrentan los Osos Panda. Luego se traslada a otro lugar lejano: la selva de la península de Yucatán, en la zona maya mexicana. En este ambiente paradisíaco y selvático se encuentra con los guacamayos, que están en peligro de extinción por la destrucción de su medio ambiente y también porque la belleza de su plumaje les hace flanco de codicia.